台灣清治末期至日治前期,樹林口地區為一街庄,稱為「樹林口莊」,隸屬於芝蘭三堡。該莊北與北投仔莊、水梘頭莊為鄰,東與興福藔莊為鄰,南邊為三空泉莊,西邊為竿蓁林莊、莊仔內莊。
1901年(日治明治三十四年)11月,該莊隸屬於臺北廳,編入第二十六區。1906年(明治三十九年)1月,第二十六區、二十七區的部分街庄合併為「水梘頭區」,該莊屬之。1920年(大正九年),該莊改制為「樹林口」大字,隸屬於臺北州淡水郡淡水街。
戰後淡水街改制為淡水鎮,隸屬於臺北縣,大字亦改制為里。2010年12月,臺北縣升格為新北市,淡水鎮亦改制為淡水區。