少时随任安学习，刘璋时担任从事，刘备时任命他做议曹从事，刘禅时任命他做谏议大夫，之后升任左中郎将、大鸿胪、太常。杜琼为人沉默寡言，蒋琬、费祎都很器重他。杜琼精通占星，但一直不观星而直接评论。后辈谯周常请教杜琼，杜琼说占星学很难学，要亲自观察，辨识天象，要每天清晨辛苦工作，但又不能泄露给人知，不如不知道算了，所以他不再观星。谯周又问之前周征君认为当涂高是魏，为什么呢。杜琼说魏是瞭望楼的名称，当途而高，所以圣人把当涂高解成魏。再解释说以前官名不叫曹，但汉代以来官名都称曹，低级的称属曹，吏卒称侍曹，这大既是天意吧。终年八十岁。没有把占星学传给后人。