少時隨任安學習，劉璋時擔任從事，劉備時任命他做議曹從事，劉禪時任命他做諫議大夫，之後升任左中郎將、大鴻臚、太常。杜瓊為人沉默寡言，蔣琬、費禕都很器重他。杜瓊精通占星，但一直不觀星而直接評論。後輩譙周常請教杜瓊，杜瓊說占星學很難學，要親自觀察，辨識天象，要每天清晨辛苦工作，但又不能泄露給人知，不如不知道算了，所以他不再觀星。譙周又問之前周徵君認為當塗高是魏，為什麼呢。杜瓊說魏是瞭望樓的名稱，當途而高，所以聖人把當塗高解成魏。再解釋說以前官名不叫曹，但漢代以來官名都稱曹，低級的稱屬曹，吏卒稱侍曹，這大既是天意吧。終年八十歲。沒有把占星學傳給後人。