朱怀球

朱怀球 北京大学元培学院

朱怀球，男，北京大学元培学院教授。

目录

研究方向

生物信息学与系统生物学

生物医学大数据

微生物基因组学

基因组医学

教育经历

2000年 北京大学 流体力学专业，湍流与计算流体力学方向，博士

1997年 北京大学 流体力学，爆炸力学与流体力学方向，硕士

1992年 华中科技大学 工程力学 学士

获奖情况

2018年 北京大学教学优秀奖

2017年 北京大学首届教学优秀奖（研究生部分）

2011年 全国优秀博士论文提名奖（指导导师）

2011年 北京大学优秀博士论文二等奖（指导导师）

2010年 北京市优秀博士论文奖（指导导师）

2007年 中国生物医学工程联合学术年会青年优秀论文奖

2006-2010年 先后获北京大学宝洁奖教金奖、北京大学埃克森-美孚奖教金、北京大学方正优秀奖教金奖

学术成果

论文及专著

• Fang ZC, Tan J, Wu SF, Li M, Xu CM, Xie ZJ, Zhu HQ*. PPR-Meta: a tool for identifying phages and plasmids from metagenomic fragments using deep learning. GigaScience, 2019, DOI: 10.1093/gigascience/giz066
• Jiang XQ, Li X, Yang LS, Liu CH, Wang Q, Chi WL, Zhu HQ*. How Microbes Shape Their Communities? A Microbial Community Model Based on Functional Genes. Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2019, 17(1): 91-105.
• Yang C, Yang LS, Zhou M, Xie HL, Zhang CJ, Wang MD, Zhu HQ*, LncADeep: An ab initio lncRNA identification and functional annotation tool based on deep learning. Bioinformatics, 2018, 34(22): 3825-3834.
• Zhai P, Yang LS, Guo X, Wang Z, Guo JT, Wang XQ, Zhu HQ*. MetaComp: comprehensive analysis software for comparative meta-omics including comparative metagenomics. BMC Bioinformatics, 2017, 18: 434.
• Liu YX, Zhang L, Wang XQ, Wang Z, Zhang JJ, Jiang RH, Wang XQ, Wang K, Liu ZJ, Xia ZW, Xu ZJ, Nie Y, Lv XL, Wu XL, Zhu HQ*, Duan LP*. Similar fecal microbiota signatures in patients with diarrhea-predominant irritable bowel syndrome and patients with depression. Clin. Gastroenterol. H., 2016, 14(11): 1602-1611.
• He FF, Li Y, Tang YH, Ma J*, Zhu HQ*. Identifying micro-inversions using high-throughput sequencing reads. BMC Genomics, 2016, 17(Suppl 1): 4.
• Lai BB, Wang FM, Wang XQ, Duan LP, Zhu HQ*. InteMAP: Integrated Metagenomic Assembly Pipeline for NGS Short Reads. BMC Bioinformatics, 2015, 16: 244.
• Guo JT, Wang Q, Wang XQ, Wang FM, Yao JX, Zhu HQ*. Horizontal gene transfer in an acid mine drainage microbial community. BMC Genomics, 2015, 16: 496.
• Wang XQ, Wang Q, Guo X, Liu LY, Guo JT, Yao JX, Zhu HQ*. Functional genomic analysis of Hawaii marine metagenomes. Sci. Bull., 2015, 60(3): 348-355
• Liu YC, Guo JT, Hu GQ, Zhu HQ*. Gene prediction in metagenomic fragments based on the SVM algorithm. BMC Bioinformatics, 2013, 14(S5): S12.
• Lai BB, Ding RG, Li Y, Duan LP, Zhu HQ*. A de novo metagenomic assembly program for shotgun DNA reads. Bioinformatics, 2012, 28(11): 1455-1462.
• Zheng XB, Hu GQ, She ZS, ZhuHQ*. Leaderless genes in bacteria: clue to the evolution of translation initiation mechanisms in prokaryotes. BMC Genomics, 2011, 12: 361.
• Luo CW, Hu GQ, Zhu HQ*, Genome reannotation of Escherichia coli CFT073 with new insights into virulence, BMC Genomics, 2009, 10: 552.
• Hu GQ, Guo JT, Liu YC, Zhu HQ*. MetaTISA: Metagenomic translation initiation site annotator for improving gene start prediction. Bioinformatics, 2009, 25(14): 1843-1845.
• Hu GQ, Zheng XB, Yang YF, Ortet P, She ZS, Zhu HQ*. ProTISA: a comprehensive resource for translation initiation site annotation in prokaryotic genomes. Nucleic Acids Res., 2008, 36: D114-119.
• Zhu HQ, Hu GQ, Yang YF, Wang J, She ZS. MED: a new non-supervised gene prediction algorithm for bacterial and archaeal genomes. BMC Bioinformatics, 2007, 8: 97.
• Zhu HQ, Hu GQ, Ouyang ZQ, Wang J, She ZS. Accuracy improvement for identifying translation initiation sites in microbial genomes. Bioinformatics, 2004, 20(18): 3308-3317.

承担项目

1. 主持国家重点研发计划重点专项《重要疫源微生物组学研究》课题“微生物多组学生物信息新算法研究与平台构建（No. 2017YFC1200205）”（2017~2020）

2. 主持国家自然科学基金项目“微生物群落环境适应性的宏基因组学研究（No. 31671366）”（2017~2020）

3. 主持北京大学“建设世界一流大学（学科）和特色发展引导专项”临床医学+X项目“基于肠道微生物组学的多组学精准医学联合平台”（2017~2018）

4. 主持国家自然科学基金重大研究计划“极端微生物宏基因组微进化的计算生物学研究（No. 91231119）”（2013～2015）

5. 主持国家自然科学基金重点项目“神经影像的时间信息提取及其在中枢药物疗效检测中的应用（No. 61131003）”（2012～2016）

6. 负责国家重点基础研究发展计划（973计划）子课题“视觉假体的信息处理及编码理论研究（No. 2011CB707503）”（2011～2016）

社会兼职

中国医药生物技术协会生物医学信息技术分会常务委员；中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会委员；北京生物信息学研究会理事会秘书长；北京生物医学工程学会常务理事；《Int. J. Comput. Intelligence in Bioinformatics and Systems Biology》副主编；《北京生物医学工程》编委。