朱懷球

朱懷球 北京大學元培學院

朱懷球，男，北京大學元培學院教授。

目錄

研究方向

生物信息學與系統生物學

生物醫學大數據

微生物基因組學

基因組醫學

教育經歷

2000年 北京大學 流體力學專業，湍流與計算流體力學方向，博士

1997年 北京大學 流體力學，爆炸力學與流體力學方向，碩士

1992年 華中科技大學 工程力學 學士

獲獎情況

2018年 北京大學教學優秀獎

2017年 北京大學首屆教學優秀獎（研究生部分）

2011年 全國優秀博士論文提名獎（指導導師）

2011年 北京大學優秀博士論文二等獎（指導導師）

2010年 北京市優秀博士論文獎（指導導師）

2007年 中國生物醫學工程聯合學術年會青年優秀論文獎

2006-2010年 先後獲北京大學寶潔獎教金獎、北京大學埃克森-美孚獎教金、北京大學方正優秀獎教金獎

學術成果

論文及專著

• Fang ZC, Tan J, Wu SF, Li M, Xu CM, Xie ZJ, Zhu HQ*. PPR-Meta: a tool for identifying phages and plasmids from metagenomic fragments using deep learning. GigaScience, 2019, DOI: 10.1093/gigascience/giz066
• Jiang XQ, Li X, Yang LS, Liu CH, Wang Q, Chi WL, Zhu HQ*. How Microbes Shape Their Communities? A Microbial Community Model Based on Functional Genes. Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2019, 17(1): 91-105.
• Yang C, Yang LS, Zhou M, Xie HL, Zhang CJ, Wang MD, Zhu HQ*, LncADeep: An ab initio lncRNA identification and functional annotation tool based on deep learning. Bioinformatics, 2018, 34(22): 3825-3834.
• Zhai P, Yang LS, Guo X, Wang Z, Guo JT, Wang XQ, Zhu HQ*. MetaComp: comprehensive analysis software for comparative meta-omics including comparative metagenomics. BMC Bioinformatics, 2017, 18: 434.
• Liu YX, Zhang L, Wang XQ, Wang Z, Zhang JJ, Jiang RH, Wang XQ, Wang K, Liu ZJ, Xia ZW, Xu ZJ, Nie Y, Lv XL, Wu XL, Zhu HQ*, Duan LP*. Similar fecal microbiota signatures in patients with diarrhea-predominant irritable bowel syndrome and patients with depression. Clin. Gastroenterol. H., 2016, 14(11): 1602-1611.
• He FF, Li Y, Tang YH, Ma J*, Zhu HQ*. Identifying micro-inversions using high-throughput sequencing reads. BMC Genomics, 2016, 17(Suppl 1): 4.
• Lai BB, Wang FM, Wang XQ, Duan LP, Zhu HQ*. InteMAP: Integrated Metagenomic Assembly Pipeline for NGS Short Reads. BMC Bioinformatics, 2015, 16: 244.
• Guo JT, Wang Q, Wang XQ, Wang FM, Yao JX, Zhu HQ*. Horizontal gene transfer in an acid mine drainage microbial community. BMC Genomics, 2015, 16: 496.
• Wang XQ, Wang Q, Guo X, Liu LY, Guo JT, Yao JX, Zhu HQ*. Functional genomic analysis of Hawaii marine metagenomes. Sci. Bull., 2015, 60(3): 348-355
• Liu YC, Guo JT, Hu GQ, Zhu HQ*. Gene prediction in metagenomic fragments based on the SVM algorithm. BMC Bioinformatics, 2013, 14(S5): S12.
• Lai BB, Ding RG, Li Y, Duan LP, Zhu HQ*. A de novo metagenomic assembly program for shotgun DNA reads. Bioinformatics, 2012, 28(11): 1455-1462.
• Zheng XB, Hu GQ, She ZS, ZhuHQ*. Leaderless genes in bacteria: clue to the evolution of translation initiation mechanisms in prokaryotes. BMC Genomics, 2011, 12: 361.
• Luo CW, Hu GQ, Zhu HQ*, Genome reannotation of Escherichia coli CFT073 with new insights into virulence, BMC Genomics, 2009, 10: 552.
• Hu GQ, Guo JT, Liu YC, Zhu HQ*. MetaTISA: Metagenomic translation initiation site annotator for improving gene start prediction. Bioinformatics, 2009, 25(14): 1843-1845.
• Hu GQ, Zheng XB, Yang YF, Ortet P, She ZS, Zhu HQ*. ProTISA: a comprehensive resource for translation initiation site annotation in prokaryotic genomes. Nucleic Acids Res., 2008, 36: D114-119.
• Zhu HQ, Hu GQ, Yang YF, Wang J, She ZS. MED: a new non-supervised gene prediction algorithm for bacterial and archaeal genomes. BMC Bioinformatics, 2007, 8: 97.
• Zhu HQ, Hu GQ, Ouyang ZQ, Wang J, She ZS. Accuracy improvement for identifying translation initiation sites in microbial genomes. Bioinformatics, 2004, 20(18): 3308-3317.

承擔項目

1. 主持國家重點研發計劃重點專項《重要疫源微生物組學研究》課題「微生物多組學生物信息新算法研究與平台構建（No. 2017YFC1200205）」（2017~2020）

2. 主持國家自然科學基金項目「微生物群落環境適應性的宏基因組學研究（No. 31671366）」（2017~2020）

3. 主持北京大學「建設世界一流大學（學科）和特色發展引導專項」臨床醫學+X項目「基於腸道微生物組學的多組學精準醫學聯合平台」（2017~2018）

4. 主持國家自然科學基金重大研究計劃「極端微生物宏基因組微進化的計算生物學研究（No. 91231119）」（2013～2015）

5. 主持國家自然科學基金重點項目「神經影像的時間信息提取及其在中樞藥物療效檢測中的應用（No. 61131003）」（2012～2016）

6. 負責國家重點基礎研究發展計劃（973計劃）子課題「視覺假體的信息處理及編碼理論研究（No. 2011CB707503）」（2011～2016）

社會兼職

中國醫藥生物技術協會生物醫學信息技術分會常務委員；中國生物工程學會計算生物學與生物信息學專業委員會委員；北京生物信息學研究會理事會秘書長；北京生物醫學工程學會常務理事；《Int. J. Comput. Intelligence in Bioinformatics and Systems Biology》副主編；《北京生物醫學工程》編委。