台湾清治末期,南子吝地区为一街庄,称为“南仔吝庄”,隶属于基隆堡。该庄北边临海,东与草山庄为邻,南边为灿光藔庄,西南边一小段与武丹坑庄为界,西边为九份庄、水南洞庄为邻。
1901年(日治明治三十四年)11月,该庄隶属于基隆厅,编入第三区。1905年(明治三十八年)7月,第三区改名“瑞芳区”。1920年(大正九年),该庄改制并雅化为“南子吝”大字,隶属于台北州基隆郡瑞芳街,大字下有“南子吝”、“哩咾”小字名。
战后瑞芳街改制为瑞芳镇,隶属于台北县,大字亦改制为里。2010年12月,台北县升格为新北市,瑞芳镇改制为瑞芳区。