台灣清治末期,九芎橋地區為一街庄,稱為「九芎橋庄」,隸屬於基隆堡。該庄北與柑仔瀨庄、焿仔藔庄、九份庄為鄰,東與武丹坑庄為鄰,南邊為石壁坑庄,西邊為三爪仔庄(《臺灣堡圖》誤寫為「三瓜仔庄」)。
1901年(日治明治三十四年)11月,該庄隸屬於基隆廳,編入第三區。1905年(明治三十八年)7月,第三區改名「瑞芳區」。1920年(大正九年),該庄改制為「九芎橋」大字,隸屬於臺北州基隆郡瑞芳街。
戰後瑞芳街改制為瑞芳鎮,隸屬於臺北縣,大字亦改制為里。2010年12月,臺北縣升格為新北市,瑞芳鎮改制為瑞芳區。