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真菌学国家重点实验室依托中国科学院微生物研究所。依据国家科学技术部《关于组织制定国家重点实验室建设计划的通知》（国科办基[2011]20号），中国科学院微生物研究所真菌学国家重点实验室（筹）的建设申请于2011年4月2日获得批准。

研究领域

实验室以真菌和地衣多样性与系统进化、真菌群落功能与互作机制、真菌生长发育的分子基础和真菌次生代谢产物及调控机制为研究方向，在收集整理真菌资源的基础上，采用分类系统学、生态学、生物化学与分子生物学、化学生物学等多学科的综合手段，在群体遗传学、物种概念及亲缘关系、群落结构与功能、基因组及比较基因组、细胞及代谢等方面开展具有国际影响的原创性和前瞻性的系统与应用真菌学研究，在此基础上，利用标本、菌种、基因及活性化合物资源，构建真菌资源平台，为真菌生物资源的认识和利用提供物质基础和理论支撑。

真菌学国家重点实验室的发展史可追溯于1953年1月成立的以戴芳澜院士为主任的真菌植病研究室。在此基础上，1956年12月成立中国科学院应用真菌学研究所，并成为于1958年12月成立的中国科学院微生物研究所的建所基础，原“应用真菌研究所”成为微生物所的“真菌研究室”（简称“一室”），邓叔群院士任主任，王云章研究员任副主任。1985年8月，作为中国科学院首批开放实验室之一，“真菌地衣系统学开放研究实验室”在“一室”的基础上成立，魏江春院士任主任，庄文颖院士于1988年回国后任副主任。2001年11月，更名为“中国科学院真菌地衣系统学重点实验室”。2011年10月，科技部正式批准建设“真菌学国家重点实验室”。2013年10月，实验室顺利通过建设期验收。

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